La zona urbana del municipio de Zipaquirá cuenta con dos sistemas de alcantarillado de aguas Residuales y Pluviales las cuales garantizan la continuidad en el servicio de captación, recolección y transporte hasta las plantas de Tratamiento y Cuerpos Hídricos del Municipio de Zipaquirá.

Las Plantas de tratamiento de Aguas residuales de la EPZ. ESP, se denominan de la siguiente.

El sistema de Tratamiento de Aguas Residuales Zipa I
 Comprende Cuatro (4) lagunas (Aireadas, Facultativa Aireada, Facultativa y Laguna de Maduración). Dichas lagunas realizan la descomposición de la carga orgánica a través de procesos Biológicos. Corresponde a la zona de la cabecera municipal localizada en eje meridional de la Calle 8 al sur de la misma.

El sistema de Tratamiento de Aguas Residuales Zipa II
Comprende DOS (2) lagunas (Anaerobia y Facultativa). Dichas lagunas realizan la descomposición de la carga orgánica a través de procesos Biológicos. Corresponde a la zona de la cabecera municipal localizada en eje meridional de la Calle 8 hacia el Norte del Municipio de Zipaquirá.